<div dir="ltr">Hi Justin,<div>this sounds like a great start! So many opportunities for applying multi-wavelength AUC. I was wondering what level of purification, if any, has been done on these complexes. Potentially a sucrose gradient could be used to concentrate some of the complexes. It would be wonderful if we could get the labeled molecules by themselves as controls, both to determine their sedimentation coefficients and their absorbance spectra when they are pure so we can distinguish them from the rest of the proteins in your lysate, are there any purifications planned?</div><div><br></div><div>Perhaps we could set up a Zoom call next week with the rest of the lab members and your ULeth student?</div><div><br></div><div>-Borries</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 4, 2023 at 1:11 PM Pahara, Justin (AAFC/AAC) <<a href="mailto:justin.pahara@agr.gc.ca">justin.pahara@agr.gc.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg361905031083461676">





<div lang="EN-US" style="overflow-wrap: break-word;">
<div class="m_361905031083461676WordSection1">
<p class="MsoNormal">Good Afternoon Borries, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I hope you’re enjoying a good start to summer <span style="font-family:"Segoe UI Emoji",sans-serif">
😊</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I want to provide a quick update about the research we discussed earlier. We have begun to prototype our first SELEX experiment where we’ve designed a ssDNA aptamer library and we plan to run a mock experiment with whole cell lysate from
 E. coli expressing RFP or CFP and then try absorbance/fluorescence ultracentrifugation with you to identify fraction(s) of Aptamer-RFP. We could also use chromoproteins if that is better and you’d prefer AUC. If possible it would be great to not have the aptamer
 fluorescently tagged for this first experiment.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Our initial aptamer library is 90 nts long with 50 Ns, so ~30 kDa and the RFP/CFP is about the same, so we’re looking at around ~60 kDA for single DNA/protein interaction.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">What do you think? Might we be able to try it out later this month? The summer student who is working on the project is a ULeth student and so he could do most of the work if your team is busy!
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Justin.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-CA" style="font-size:10pt">Dr. Justin Pahara<u></u><u></u></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-CA" style="font-size:10pt"><u></u> <u></u></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-CA" style="font-size:10pt">Research Scientist and Project Lead<u></u><u></u></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-CA" style="font-size:10pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-CA" style="font-size:10pt">Nanotechnology (Biotic Stresses and Adaptation)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-CA" style="font-size:10pt">Agriculture and Agri-Food Canada / Government of Canada<br>
<a href="mailto:justin.pahara@agr.gc.ca" target="_blank"><span style="color:rgb(5,99,193)">justin.pahara@agr.gc.ca</span></a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-CA" style="font-size:10pt"> </span><span lang="EN-CA"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR-CA" style="font-size:10pt">Nanotechnologie (Adaptation et Contraintes Biotiques)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR-CA" style="font-size:10pt">Agriculture et Agroalimentaire Canada / Gouvernement du Canada</span><span lang="FR-CA"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><span lang="FR-CA" style="font-size:10pt"><a href="mailto:justin.pahara@agr.gc.ca" target="_blank"><span style="color:rgb(5,99,193)">justin.pahara@agr.gc.ca</span></a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><span style="font-size:10pt;color:black"><img border="0" width="261" height="39" style="width: 2.7152in; height: 0.4097in;" id="m_361905031083461676Picture_x0020_1" src="cid:18922b344ed692e331"></span><span lang="FR-CA" style="font-size:10pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

</div></blockquote></div>