<div dir="ltr">Hi Jason,<div>thanks for the PDB files, as I suspected we need new definitions for the various non-canonical AAs. I get errors when running SOMO on the undefined residues. I asked Emre from our group to suggest a way how to deal with this. Presumably someone needs to edit the definitions for the unknown residues. I'll give you some updates when I have them.</div><div><br></div><div>Regards, -borries</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 6, 2023 at 11:37 PM Jason Zhu <<a href="mailto:jasonz13@uci.edu">jasonz13@uci.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Borries and the Demeler lab, <div><br></div><div>As a follow-up to our conversation today, I've attached my slides, PyMOL models for the crystallographic F19Cha hexamer and the proposed NMR dodecamer based on a structural analog (PDB ID: 5v63). I broke up the subunits of the crystallographic hexamer and proposed NMR dodecamer into separate pdb files to make them easier to work with. </div><div><br></div><div>In the meantime, I'll try adding Tris to my peptide, running samples on the nanodrop, purifying more F19Cha and will keep you posted. </div><div><br></div><div>Thanks again for setting up this meeting and having so many members of your lab attend. Please feel free to reach out if there's anything you need from our end. I look forward to working with you all! :)</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div>Jason</div></div>
</blockquote></div>