<div dir="ltr">Hi Mattia and Emre:<div>We are working with the Nowick group from UCalifornia, Irvine, to study synthetic amyloid peptide mimics which include several non-canonical amino acids. Loading Xray and NMR generated PDBs into SOMO causes several errors due to these discrepancies:</div><div><br></div><div><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Sans Serif";font-size:9pt;color:rgb(0,0,0)">Encountered the following warnings with your PDB structure:</span></p>
<p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Sans Serif";font-size:9pt;color:rgb(0,0,0)">Chain B Molecule 1 Residue ORN 1: Non-coded residue. </span></p>
<p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Sans Serif";font-size:9pt;color:rgb(0,0,0)">Chain B Molecule 1 Residue PHI 5: Non-coded residue. </span></p>
<p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Sans Serif";font-size:9pt;color:rgb(0,0,0)">Chain B Molecule 1 Residue ORN 9: Non-coded residue. </span></p>
<p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Sans Serif";font-size:9pt;color:rgb(0,0,0)">Chain B Molecule 1 Residue SAR 13: Non-coded residue.</span></p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Sans Serif";font-size:9pt;color:rgb(0,0,0)"><br></span></p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap">...and various downstream issues with chain breaks resulting from these unknown residues. I suspect that due to the small size of these peptides we want to be as accurate as possible to represent the residues correctly, since they are likely extending into the solvent interface. Of great interest in amyloid research is the structure & function of small soluble oligomers, so this is what we are trying to investigate by AUC, NMR and X-ray, and being able to simulate expected oligomers by US-SOMO would be a great plus.<br></p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><br></p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap">Can you please update the residue definition list for US-SOMO so these AAs are properly recognized? I think this would be a great and novel use of US-SOMO!</p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><br></p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap">I have attached a number of PDB files from oligomeric structures of one of these peptides derived from NMR and Xray that were generated by Jason Zhu (Cc'ed) from James Nowick's lab, and since I am no expert in PDB formats, perhaps you and Jason can collaborate to get the residues added, and allow us to load them correctly?</p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><br></p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap">We would be happy to include you in the manuscript author list for your help with the simulation. The s, D and frictional ratios would be directly compared with AUC data. Also, James has already worked out the partial specific volumes for these non-canonical amino acids using Helmut Durchschlag's  papers. He can provide you with these values.</p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap"><br></p><p style="margin:0px;white-space:pre-wrap">Thanks so much, -Borries</p></div><div><br></div></div>